718年創建，原本名為「向神社」，1275年與同樣位在向日山的「火雷神社」合併時改名為「日向神社」。在室町時代的1418年所建的「三間社流造」本殿已被指定為國家重要文化財。東京的明治神宮本殿便是以這座本殿為基底，將其擴大1.5倍而進行設計的。
